Základy určického kostela je možné klást před první písemnou zmínku o knězi Konrádovi, která je datovaná k roku 1288. Předpokládáme, že se zde tehdy nacházel malý kamenný kostel, podobný jaký je např. ve Stínavě. Postupem doby prošel kostel dalšími stavebními fázemi. Významným způsoben do jeho dalších osudů zasáhla Kateřina z Kravař, která kostelu věnovala velké pozemky, které měly zabezpečit soběstačnost zdejší církevní obce. Kromě pozemků věnovala na kostel velké množství liturgických předmětů, které se v kostele nacházela asi až do roku 1784, kdy byl kostel vykraden.
Podle přání Kateřiny z Kravař měla být snad v určickém kostele pohřbena. Koncem 20. století se skutečně v kostele našla krypta s několika ostatky, ale je prakticky vyloučeno, že by se v kryptě mohly nacházet ostatky středověké šlechtičny. Jako pravděpodobnější se jeví, že byla pohřbena buď v rodové hrobce v Prostějově, nebo v Olomouci. Kosti nalezené v hrobce budou patřit zdejším duchovním z 18. století.
Kostel procházel dalšími stavebními úpravami. Jednu můžeme vidět do dnešní doby. Věž nacházející se vedle kostela pochází bezpečně z poloviny 15. století. Je to svým způsobem unikát, protože není spojena s kostelem. V českých zemích najdeme několik podobných kostelů, kdy věž stojí samostatně. Navíc tato gotická věž má svoji vypovídací hodnotu a právem ji řadíme mezi nejstarší stavby v obci. Je pravděpodobné, že existence věže je spojena s novým vysvěcením kostela v roce 1461 olomouckým biskupem Protázem. Tehdy kromě věže byla vystavěna rovněž nová loď kostela, která byla orientovaná ve směru sever jih, teprve později v letech 1727-1734 byl kostel vystavěn znovu a orientován směrem západ a východ.
Počátkem 19. století se stal kostel vyhledávaným poutním místem (podrobnosti zde). Na zdejší poutě k Panně Marii se sjížděli poutníci z širokého i blízkého okolí. Poutě zanikly před první světovou válkou. V letech 1865-1871 byl kostel stažen ocelovými svorníky, protože se začal rozestupovat kvůli špatnému podloží. Problémy se statikou se projevily také v 90. letech 20. Století, kdy celý kostel prošel generální opravou. Při ní bylo přistoupeno k betonovým injektážím, které zpevnily základ kostela a zamezily jeho dalšímu posunu. Navíc bylo přistoupeno k odvodnění celé stavby, opravě vnitřních a vnějších omítek. Generální oprava kostela byla dokončena v roce 2000 a od té doby kostel sv. Jana Křtitele opět slouží svému účelu.
Znění fundace paní Kateřiny z Plumlova
„Já, Panna Kateřina z Plumlova, učinila jsem fundaci tohoto kostela městečka Určic r. 1428 při starém kostele Matky Boží, založení sv. Jana Křtitele, předně aby se v tom kostele služba Boží tím bedlivěji od kněží řádných podle Církve vykonávala. K tomu jsem se sama přičinila, a co kdy k službě Boží přináleží, to jsem svým nákladem koupiti dala.
- Čtyři kalichy stříbrné, pozlacené, dva hrubé a dva malé, neb jsem se dívati nemohla, že kněží při mši svaté olověných užívali.
- Kříž stříbrný, pozlacený, aby lidé pamatovali na umučení Krista Pána, ze svého udělati jsem dala.
- Pro rozdíl kněží římských ornátů k službě Boží šest jsem najednala.
- Kápi zlatohlavou, roucho červené i bílé.
- Obraz sv. Prokopa, zúplna celý i vrub jeho, v křišťále stříbrem obtažený, z pokoje mého dáti jsem poručila.
- Knih žaltářních, misálů, graduálů latinských, aby se z nich obyčejem římským v tomto kostele zpívalo bez nedostatku, za své peníze koupila jsem.
- Kněz aby služby Boží pilen byl, procesí, mší svatých nezanedbával a dvakrát do týhodne aby votivu míval, jednu „pro fundátore“ v úterý a druhou „pro defunctis“ v pátek.
- Vychování toto jemu bude: Dvacet kráv ode dvora dala jsem.
- Desátek, jeden každý podle roli své.
- Faráři šest čtvrtí rolí* ode dvoru mého s Nivú nad vývozem také jsem jemu poručila (asi 37ha).
- K tomu tři sedláky, aby faráři robotovali, platy při sv. Václavě a sv. Jiří dáti jsem poručila až do skonání světa.
- Louka v Sedliskách, má vlastní, faráři jest dána, aby každý čtvrtek s monstrancí kol kostela chodil.
- Lesů 40 provázků zdéli a 40 zšíři* svobodně užívati má, též dva páry chrtů chovati a s nimi štváti svobodně má.
- Zahradníků 9, povinovati jsou k faře robotovati a platy dávati.
Já, Panna Kateřina z Plumlova, ležím a odpočívám v prachu země v kostele Určickém, před oltářem sv. Jana kamenem přivalena.
Modlete se za mne! Amen.“
Posloupnost farářů
1288 Konrád
Jména farářů do r. 1460 jsou neznámá
1460 Ondřej Humpolecký
1574 Valentin
1580 Krištof
1611 Tomáš Rectorides
1626 Michal Prokopius
1633 Valentin Aberhauer
1667 Pavel Alexandr Jakšíček
1693 Matěj Josef Vejvoda
1709 František Ignác Novák
1721 Antonín Nepomuk Weisenthal
1739 Václav Ferdinand Zimper
1744 Martin Dvořenský
1749 František Karel z Tannenberku
1772 Jan David Hein
1802 Josef Karel Pischl
1806 Jan Gertz
1813 Florián Novák – ze Seloutek
1834 Petr Obdržálek
1886 Jan Švéda
1902 Mořic Růžička
1941 František Karas
1965 Josef Váňa
1971 František Fagulec (později vypomáhal Vlad. Krejsa)
1984 Jan Malý – děkan z Olšan, zastupoval za nemocného Františka Fagulce
1985 Jan Jiříček SDB
2006 Jan Mach – děkan z Kostelce n. H. a salesiáni z Prostějova, kteří zastupovali za nemocného Jana Jiříčka
2007 Leszek Rackowiak, SDS
2009 Pavel Kaška
2012 Leszek Rackowiak, SDS
2019 Pavel Barbořák SDS